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高檢署昨表示，收到高院判決書，研究判決理由後，再研究是否上訴。法界指出，依速審法規定，檢方恐怕無法上訴三審，即使上訴三審，也可能被最高法院以「程序駁回」而無罪定讞。

高院宣判後，邱義仁辯護律師高涌誠痛批，高院再判無罪，凸顯特偵組的起訴草率，將在本案無罪定讞後，針對邱義仁遭羈押部分，提出刑事補償聲請。

法界認為，邱義仁因本案一度遭羈押五十一天，如果真的提出冤獄賠償，以一天最高五千元計算，將可獲得廿五萬五千元的刑事補償。

速審法第九條訂有「上訴限制」的規定，明訂一、二審若均獲判無罪，若提起上訴，上訴理由須以「判決所適用法令牴觸憲法、判決違背司法院解釋、判決違背判例」等三項情形為限。高涌誠因此認為，要上訴第三審難度極高，「全案幾乎可以說已確定」。

特偵組當初調查認為，台灣加入世貿組織後，希望世貿秘書長蘇帕清協助我國排除中國藉機矮化台灣，邱義仁九十四年間指示外交部撥款五十萬美元旅行支票，卻遭邱侵占，當時外交部次長高英茂知情，依然指示配合辦理，兩人涉嫌貪污。